Das übergeordnete Ziel des Nationalen Aktionsplans Pflanzenschutz ist, die Risiken, die durch die Anwendung von Pflanzenschutzmitteln entstehen können, weiter zu reduzieren. Diese Zielsetzung geht konform mit der EU-Pflanzenschutz-Rahmenrichtlinie 2009/128/EG über einen Aktionsrahmen der Gemeinschaft für die nachhaltige Verwendung von Pestiziden.

Die Zielvorgaben im Nationalen Aktionsplan Pflanzenschutz betreffen die Bereiche Pflanzenschutz, Anwenderschutz, Verbraucherschutz und Schutz des Naturhaushaltes. Wie das Pflanzenschutzgesetz in § 4 vorschreibt, enthält der Nationale Aktionsplan hinsichtlich der Zielerreichung quantitative Vorgaben, Maßnahmen und Zeitpläne zur Verringerung der Risiken und Auswirkungen der Anwendung von Pflanzenschutzmitteln auf die Gesundheit von Mensch und Tier sowie auf den Naturhaushalt.

Verfolgt werden unter anderem folgende Ziele:

• Reduzieren von Risiken, die durch die Anwendung von Pflanzenschutzmitteln für den Naturhaushalt entstehen können um 30 Prozent bis 2023 (Basis Mittelwert der Jahre 1996 bis 2005).
• Senken von Rückstandshöchstgehaltsüberschreitungen in allen Produktgruppen einheimischer und importierter Lebensmittel auf unter 1 Prozent bis 2021, bezogen auf die Ergebnisse des repräsentativen Monitorings.
• Begrenzen der Pflanzenschutzmittelanwendungen auf das notwendige Maß. Dies ist die Intensität der Anwendungen von Pflanzenschutzmitteln, die notwendig ist, um den wirtschaftlichen Anbau der Kulturpflanzen zu sichern. Sie liegt oft deutlich unterhalb der zugelassenen Anwendungen.
• Fördern der Einführung und Weiterentwicklung von Pflanzenschutzverfahren mit geringen Pflanzenschutzmittel-Anwendungen im integrierten Pflanzenschutz und im ökologischen Landbau.
• Verbessern der Sicherheit beim Umgang mit Pflanzenschutzmitteln
• Verbessern der Information der Öffentlichkeit über Nutzen und Risiken des Pflanzenschutzes, einschließlich der Anwendung chemischer Pflanzenschutzmittel.

Zur Erreichung dieser globalen Ziele werden im Nationalen Aktionsplan spezielle Ziele, Ziel-Quoten und Zeitpläne für folgende Bereiche festgelegt:

• Land- und Forstwirtschaft sowie Gartenbau,
• Nichtkulturland,
• Haus- und Kleingarten,
• Ein- und Verschleppung von Schadorganismen,
• Anwenderschutz und Schutz unbeteiligter Dritter,
• Verbraucherschutz (Lebensmittelsicherheit),
• Gewässerschutz und
• Biologische Vielfalt.