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Naturstoffe werden einerseits zur Regulierung von Schaderregern angewendet (naturstoffbasierte Pflanzenschutzmittel) und andererseits als Pflanzenstärkungsmittel.
Zur Schädlingsregulierung werden hochwirksame Pflanzenschutzpräparate aus den Früchten des tropischen Neem-Baumes angewendet, deren Wirkung in Indien seit vielen Jahrhunderten bekannt ist. In Deutschland werden sie zur Regulierung von Blattläusen, Thripsen, Minierfliegen und Weißer Fliege in verschiedenen Kulturen angewendet. Es ist als nicht bienengefährlich und schonend für die meisten Nützlinge eingestuft.
Pyrethrine werden aus verschiedenen Chrysanthemum-Arten gewonnen. Sie werden von den Schadinsekten über den Körper aufgenommen und wirken als Nervengift. In Deutschland sind über 20 reine Pyrethrinpräparate zugelassen. Sie werden nicht als nützlingsschonend eingestuft, da sie unspezifisch auf Insekten wirken.
Pflanzenstärkungsmittel sind ausschließlich dazu bestimmt, allgemein der Gesunderhaltung der Pflanzen zu dienen oder Pflanzen vor nichtparasitären Beeinträchtigungen zu schützen. Sie basieren oftmals auf Naturstoffen (unter anderem Kompostextrakte, Huminsäuren, Extrakte und Aufbereitungen aus Pflanzen), aber auch auf Mikroorganismen. Für den ökologischen Landbau haben sie eine große Bedeutung.