Kleingewässer wie Tümpel, Sölle, Bäche oder Gräben sind Bestandteil vieler Agrarlandschaften. Im Rahmen des NAP wird der Aufbau eines repräsentativen Monitorings von Kleingewässern (Stand- und Fließgewässer mit einem Einzugsgebiet < 10 km²) angestrebt, um den möglichen Belastungszustand dieser Gewässer mit Pflanzenschutzmitteln zu ermitteln.
In Nachbarschaft zu landwirtschaftlich genutzten Flächen sind Einträge von Pflanzenschutzmittel in Kleingewässer zum Beispiel über Run-off denkbar. Über die tatsächliche Belastung von Kleingewässern in der Agrarlandschaft ist bisher allerdings wenig bekannt. Eine bundesweite Zustandsbeschreibung für Kleingewässer der Agrarlandschaft ist bislang nicht möglich, da diese im Rahmen des WRRL-Monitorings für Oberflächengewässern nicht erfasst werden. Daher soll ein Monitoring-Konzept erarbeitet werden, um Informationen über die tatsächliche Belastungssituation zu erhalten und geeignete Maßnahmen ergreifen zu können. Die Bewertung der Ergebnisse soll dabei auf Grundlage einheitlicher Kriterien erfolgen. Als mögliche Kenngrößen benennt der NAP die Umweltqualitätsnormen UQN für prioritäre Pflanzenschutzmittelwirkstoffe und relevante Metabolite gemäß Oberflächengewässerverordnung oder die im Zulassungsverfahren abgeleiteten maximal tolerierbaren Konzentrationen (RAK, Regulatorisch Akzeptable Konzentration), wenn keine UQN vorliegen.
In folgenden Vorhaben und Projekten wurde der Belastungszustand von Kleingewässern bislang untersucht und Vorschläge für ein Monitoring erarbeitet: